FungiRESIST™ : Une plateforme innovante pour l’analyse des résistances fongiques
La résistance des agents pathogènes aux fongicides constitue un défi majeur pour la durabilité des systèmes agricoles. Pour répondre à cette problématique, CONIDIA CONIPHY propose FungiRESIST™, une solution web innovante qui combine technologie de séquençage longue lecture (ONT) et pipeline bioinformatique dédié aux gènes cibles des fongicides.
Objectifs scientifiques
FungiRESIST™ permet :
- Caractérisation structurale des populations pathogènes à partir d’une seule analyse.
- Quantification des allèles et haplotypes associés aux mutations de résistance.
- Détection de nouvelles modifications des gènes cibles, ouvrant la voie à la surveillance évolutive.
- Visualisation interactive des données pour une interprétation spatiale en temps réel.
Technologie et méthodologie
- Séquençage longue lecture (Oxford Nanopore Technologies) : idéal pour reconstruire des haplotypes complets et analyser des régions génétiques complexes.
- Pipeline optimisé pour les gènes cibles des fongicides : CYP51 (Zymoseptoria tritici), CYTB (Plasmopara viticola), et autres.
- Analyse quantitative des mutations connues (ex. S524T, Y461H, G143A) et des combinaisons haplotypiques.
- Résultats rapides : quelques jours suffisent pour obtenir des données exploitables, contre plusieurs semaines avec des approches classiques.
Applications
- Surveillance épidémiologique des résistances dans les populations fongiques.
- Aide à la décision pour la gestion raisonnée des fongicides.
- Recherche fondamentale sur la dynamique évolutive des mutations.
Exemple : Zymoseptoria tritici
Les haplotypes complexes tels que D134G-V136A-I381V-Y461H-S524T sont suivis pour évaluer la fréquence des combinaisons multi-mutations dans les populations. Cette approche permet de mieux comprendre la corrélation entre génotype et phénotype de résistance.
Pourquoi choisir FungiRESIST™ ?
- Expertise éprouvée : plus de 15 ans d’expérience dans la détection des allèles de résistance.
- Interface intuitive : analyse, illustration et cartographie interactive.
- Adaptabilité : compatible avec vos échantillons ou vos données ONT existantes.
Pour en savoir plus ou tester la plateforme :
Nos solutions associées à FungiRESIST™
Technologie NGS
Test produits phytosanitaires
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