NGS : les dernières techniques de pointe en biologie moléculaire au cœur de notre laboratoire
Utiliser les dernières techniques de pointe en biologie moléculaire pour répondre aux enjeux de santé des plantes de demain.
Qu’est-ce que la technologie NGS ?
Le séquençage des molécules d’ADN/ARN.
L’avènement de la génétique et l’étude de l’ADN ont été accompagnés par une évolution accélérée des techniques génomiques. Le séquençage 1ʳᵉ génération de l’ADN dit « Sanger », introduit en 1980, était le premier pas et la base du projet de séquençage du génome humain démarré en 1998, qui a duré près de 15 ans avec un coût de 3 milliards de dollars.
Ce projet a relancé les techniques de séquençage et moins de 10 ans après, le séquençage haut débit ou séquençage de nouvelle génération (NGS) est arrivé dans les laboratoires. Les techniques de NGS ont permis d’accélérer le séquençage des génomes et de réduire les coûts drastiquement.
En même temps, l’apparition des techniques de séquençage a donné naissance aux outils d’analyse bio-informatique, devenus nécessaires pour traiter les données générées par les séquenceurs.
NGS : Séquençage nouvelle génération (2ème génération)
Contrairement au séquençage Sanger, le NGS est plus puissant et il apporte un changement d’échelle dans les capacités de séquençage en générant des données massives sur plusieurs milliers, voire millions de molécules d’ADN simultanément dans un seul run.
Ces approches, appelées aussi techniques de séquençage « short-read » ou « séquence courte » possèdent une longueur de lecture ne dépassant pas 300 nucléotides. La technologie la plus largement utilisée est le séquençage par synthèse (séquençage Illumina).
Le séquençage « short-read » reste une technique très puissante, mais analyse des petits fragments qu’il faudra mettre bout à bout pour assembler des gènes ou génomes entiers.
La tache peut s’avérer très compliquée quand il faut couvrir des séquences génomiques complexes « génome » de très grande taille (supérieure aux fragments lus par NGS) comprenant des insertions, délétions, duplications et d’autres réarrangements.
Séquençage « long-read » (3ème génération)
Actuellement, il existe principalement deux technologies de séquençage long-read, dites de 3ᵉ génération : Pacific Biosciences (PacBio) et Oxford Nanopore Technologies (ONT), permettant de séquencer des fragments beaucoup plus longs (plusieurs kilobases jusqu’à parfois une centaine de kilobases).
La technologie ONT a révolutionné le séquençage haut débit en inventant la lecture en temps réel des brins d’ADN après leurs passages dans des « nanopores », permettant de mesurer le signal électrique émis par chaque nucléotide. Cette technologie s’affranchit de l’activité de la polymérase et le séquençage par synthèse des brins complémentaires.
Une équipe R&D dédiée
L’innovation est dans l’ADN de notre société.
Pour répondre aux défis actuels, notre société dispose d’une équipe R&D dédiée aux projets innovants. Composée de docteur et d’ingénieur, elle développe les outils de demain et apporte des outils pratiques (développement de kit de biologie moléculaire) pour être au plus du terrain.
Le séquençage long-read ONT
Application du séquençage long-read ONT
Notre équipe dispose des moyens et compétences techniques pour des applications spécifiques avec le séquençage nanopore.
Cas pratique dans notre laboratoire
Séquençage long-read ONT pour tracker la résistance aux fongicides.
Une analyse NGS passe par une étape de préparation d’une librairie ou banque, il s’agit de l’ensemble des fragments qu’on souhaite analyser.
Nos solutions associées à la technologie NGS
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Test produits phytosanitaires
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